酵素材の中に生ゴミを投入すると、「生ゴミ」の中からカリウムなどの無機元素や低分子の糖（ブドウ糖など）と同時にアミノ酸など低分子の有機成分が微量ですが溶け出します。これを微生物が吸収します（微生物の細胞壁を通過吸収）。
吸収された低分子有機成分には溶け出す前の高分子有機物の情報を含んでおり微生物はその情報を元に分解酵素を細胞内で合成します。分解酵素は低分子のため楽に細胞壁を通過して高分子有機物（生ゴミと考えて差し支えない）を低分子に分解します。
好気性菌の場合、生ゴミ中の有機炭素を餌にしたとき合成に５〜１０％を使用、残り９０〜９５％をエネルギーとして酵素の生産などに消費します。このとき、炭素を燃やしてエネルギーとし、炭素は酸化されて二酸化炭素となり放出されます。「生ゴミ」の中の保水成分の有機物は保水することが出来なくなり水を出します。これが「生ゴミ」を水と二酸化炭素に分解消滅させますと言っている原点です。増殖された微生物は残りますが、水分比３０％ぐらいの頃より活性が鈍り安定化され、次の「生ゴミ」の投入を待ち受ける状態となります。
行程については「生ゴミ」の投入と同時に活性力に勝る糸状菌、乳酸菌等が急激に増殖され初期分解が始まります。次に分解を強制的に行うため「放線菌」が有害菌を抑制し、腐敗傾向から発酵分解へと移行します。この状態からセルロース、たんぱく質、初期分解で生成した有機酸などを分解しながら放線菌が増殖しています。